На 15 март 1978 г., по инициатива на проф. Александър Фол, в Созопол е основана Базата за морски проучвания – първата организация в Черноморския регион и Източна Европа, посветена на изследването на подводното културно наследство.
Базата е преструктурирана и се превръща във филиал на Окръжна дирекция „Културно-историческо наследство“ – Бургас, с разширена дейност и капацитет за научна работа.
Центърът преминава към Националния политехнически музей – София, с цел да изпълнява национални задачи в сферата на подводната археология, извън рамките на регионално подчинение.
С Решение на Министерски съвет №127 се учредява Централна база за подводни археологически проучвания към Министерството на културата – признание за стратегическата роля на Центъра на национално ниво.
С ПМС №128 от 2002 г. Центърът за подводна археология е учреден като държавен културен институт към Министерството на културата – структура, която функционира до днес.
Благодарение на натрупания опит на ЦПА и усилията на ангажирани експерти и политици, България става първата страна в Европа, ратифицирала Конвенцията за опазване на подводното културно наследство.
По инициатива на МК и с активното участие на ЦПА, България подава официална кандидатура към ЮНЕСКО за създаване на Регионален институт категория 2, базиран в Созопол – за Черноморския регион.