Центърът за подводна археология е единственият държавен институт в България, който по закон (ПМС № 128) има право да извършва дейности свързани с:
1. Проучване, документиране и опазване на подводното археологическо наследство (българско черноморско крайбрежие, реки и езера). В това число влизат контрол над подводни, хидротехнически и драгажни дейности, подводни археологически изследвания, геофизични и геоморфоложки изследвания, насочени към промяната на бреговата ивица от древността до наши дни, химични, ботанични, зооложки и други изследвания, целящи установяването на палеоклиматичните условия по българското черноморско крайбрежие и промените в климата;
2. Научна, научно-информационна, експертна и консултантска дейност, предимно свързани с изготвянето на наредби и закони при осъществяване на подводна дейност и опазване на културно-историческото наследство;
3. Организиране и провеждане на национални и международни научни прояви. Организатор е на редица научни прояви, най-важната от които е международният симпозиум ТРАКИЯ ПОНТИКА, стартирал през 1979 година. Научният форум е организиран единствено със средства и усилия на ЦПА, като в него участват обикновено представители от 10-15 държави. Сред тях са едни от най-изтъкнатите изследователи в областта на подводната археология – Джордж Бас, Онър Фрост, Герхард Капитен, Дейвид Френч , Джан Боузек, Джон Хинд, Димитриос Самсарис, Роланд Паскоф;
4. Експозиционна, популяризаторска и издателска дейност. Подготвя и издава научни трудове на български и чужди автори в областта на морската история и археология, организира временни изложби, представящи българските археологически открития под вода. Една от изложбите „Тайни от морското дъно“ в гр. Китен представя колекция от котви от различни периоди, предмети от подводни археологически разкопки на потънало селище от ранната бронзова епоха и потънал кораб от 18-19 век в южния залив на Китен. Част от предметите могат да се видят и във виртуалния музей в страницата на ЦПА;
5. Подготвка и квалификация на кадри. Организира и изпълнява образователни програми по морска история, етнология и подводна археология в рамките на летни школи за студенти и осигуряване на възможности за практическо приложение на усвоените знания и умения. Подобни школи са провеждани в рамките на съвместни проекти с неправителствената археологическа организация „Балканско наследство“ и по българо-турска програма „Partnership IPA Cross-Border Programme“;
6. Съдействие при определяне на приоритетите на държавната културна политика в областта по опазването на културното наследство под вода;
7. Участие при изработването и даването на становища по проекти на нормативни актове в областта по опазването на културното наследство под вода.
